Con un doblete ante Pereira por Copa Colombia, se estableció el récord goleador de Duque en finales, con Atlético Nacional.
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En el partido de ida, correspondiente a la final de la Copa Colombia, Atlético Nacional, superó cinco a cero a Deportivo Pereira, con goles de Palacio, Jarlan, Castro y doblete de Jefferson Duque, quien impuso una nueva marca goleadora, en las finales que ha disputado con el equipo antioqueño.
Tras convertirle por duplicado al Pereira, Duque llegó a la cifra de nueve goles en finales con Nacional, siendo el jugador con más tantos en esta instancia, en toda la historia del club.
El paisa, le anotó por triplicado a Junior, en la final de la superliga 2012, un año más tarde, ante Santa Fe marcó en la final de la Liga colombiana, al igual ante Millonarios por Copa Colombia. En el segundo semestre de 2013, volvió a convertir en la final de la Liga Postobón ante el Cali, equipo contra el que celebró también en la final de la superliga del 2014 .
Con los dos goles al equipo pereirano, el capitán verdolaga, sumó su tercer tanto, en finales de Copa Colombia, y nueve en todas las que ha disputado con la verde y blanca.
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Además, de el récord goleador de Duque en las finales, el delantero de 34 años, también se convirtió en el máximo goleador colombiano, en lo que va del 2021, con 26 anotaciones, compartiendo el primer puesto con Frank Castañeda.